โรคมือเท้าปากเกิดจากการติดเชื้อไวรัสเอนเทอโร ( Enterovirus ) ซึ่งมีหลากหลายสายพันธุ์ เช่น ค็อกแซคกีเอและบี ( Coxsackie A , B ), ไวรัสเอนเทอโรชนิด 71 ( Enterovirus 71 – EV71 ) , ไวรัสเอ็คโคไวรัส ( Echovirus )