โรคปากเปื่อยเท้าเปื่อย เกิดจากการติดเชื้อไวรัสเอนเทอโร ( Enterovirus ) ซึ่งมีหลากหลายสายพันธุ์ เช่น ค็อกแซคกีเอและบี ( Coxsackie A , B ), ไวรัสเอนเทอโรชนิด 71 ( Enterovirus 71 – EV71 ) , ไวรัสเอ็คโคไวรัส ( Echovirus ) แต่ไวรัสที่พบว่าเป็นสาเหตุการติดเชื้อมากที่สุด คือ ไวรัสค็อกแซคกีเอชนิด 16 (Coxsackievirus A 16 ) อาการมักจะไม่รุนแรง ผู้ป่วยสามารถหายได้เอง แต่หากติดเชื้อจาก ไวรัสเอนเทอโรชนิด 71 อาการจะหนัก และหากเกิดภาวะแทรกซ้อน อาจถึงขั้นเสียชีวิตได้