โรคต่อมทอนซิลอักเสบ เกิดจากเชื้อไวรัสที่เป็นสาเหตุของไข้หวัด ไข้หวัดใหญ่ และบางส่วนเกิดจาก เชื้อแบคทีเรีย ซึ่งเชื้อโรคจะอาศัยอยู่ที่น้ำลายและเสมหะของผู้ป่วย สามารถติดต่อได้จากการหายใจและการสัมผัสเชื้อโรคในช่องทางต่างๆ และมีเชื้อโรคชนิดหนึ่ง ชื่อ บีตาฮีโมไลติกสเตรปโตค็อกคัส กลุ่มเอ(group A beta-hemolytic streptococcus) ซึ่งทำให้เกิดหนองที่ต่อมทอนซิลได้