ผู้ป่วยจะ ปวดหัว ปวดหลัง ปวดเมื่อยตามตัว มีไข้สูง ถ้าเกิดในในเด็กจะมีอาเจียน มีอาการชัก และหมดสติ หลังจากนั้นผู้ป่วยโรคฝีดาษมีผื่นแดงแขนและขา จากนั้นจะมีอาการคันมากที่ผิวหนังและจะกลายเป็นตุ่มขึ้นที่ผิวหนังจากนั้นแผลจะแห้งและเป็นสะเก็ดในประมาณ 2 สัปดาห์ต่อมา อาการของโรคฝีดาษ สามารถแยกอาการเป้นข้อๆ ได้ดังนี้