ผู้ป่วยจะอาจไม่แสดงอาการ แต่เมื่อ โรคสมองอักเสบ แสดงอาการ ผู้ป่วยจะเริ่มมีไข้ อ่อนเพลีย เจ็บคอ คอแข็ง อาเจียน ปวดหัว กระสับกระส่าย ซึมเศร้า โดยทั่วๆไป การติดเชื้อไวรัส จะเริ่มด้วยอาการที่ไม่จำเพาะ ได้แก่ มีไข้ ปวดศีรษะ คลื่นไส้ อาเจียน อ่อนเพลีย เมื่อยล้า ปวดกล้ามเนื้อ หลังจากนั้นจึง จะมีอาการที่จำเพาะกับแต่ละเชื้อไป เช่น โรคอีสุกอีใส ก็จะมีผื่นที่เป็นตุ่มน้ำใส เป็นต้น ยกเว้นแต่เชื้อไวรัสกลุ่มที่อาศัยแมลงเป็นพาหะนำโรค จะไม่มีอาการจำ เพาะตามมา โดยเมื่อเชื้อเข้าไปทำให้เกิดสมองอักเสบแล้ว ก็จะเกิดอาการของสมองอักเสบขึ้นเพียงอย่างเดียว สำหรับเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคสมองอัก เสบ หรือเชื้ออื่นๆ อาการสมองอักเสบที่เกิดขึ้นจะเหมือนกัน