พระพรหมังคลาจารย์ หรือ หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ มรณภาพ ที่โรงพยาบาลศิริราช เมื่อเวลา 9.09 น. ของวันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2550 ด้วยอาการติดเชื้อในกระแสโลหิต รวมอายุได้ 96 ปี 5 เดือน ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 9 ทรงพระราชทานโกศแปดเหลี่ยม และรับศพหลวงพ่อปัญญานันทภิกขุไว้ในพระราชานุเคราะห์