สาเหตุของการเกิดโรคลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรัง ยังไม่สามารถสรุปสาเหตุได้ชัดเจนนัก แต่เรื่องของการถ่ายทอดทางพันธุกรรมนั้น มีผลต่อสาเหตุของโรค รวมถึงปัจจัยจากสิ่งแวดล้อม