สาเหตุของโรคหลอดอาหารอักเสบ คือ การอักเสบที่คอ เชื้อโรคต่างๆในคอ และ หลอดอาหาร จึงทำให้เกิด อาการอักเสบ อาการหลอดอาหารอักเสบ จะเกิดง่ายกับคนที่มี ภูมิคุ้มกันอ่อนแอ เช่น ผู้ป่วยโรคเบาหวาน ผู้ป่วยโรคเอดส์ เป็นต้น นอกจาก ร่างกายอ่อนแอ เป็น สาเหตุของการติดเชื้อ แล้ว โรคหลอดอาหารอักเสบ เป็น โรคแทรกซ้อน จากการเกิดโรคอื่นๆ ด้วย เช่น การติดเชื้อเริม โรคกรดไหลย้อน การอาเจียน