การติดเชื้อโรคหนองใน นั้นเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย ชนิดหนึ่ง ที่มีชื่อว่า ไนซีเรีย โกโนเรียอี ภาษาอังกฤษ เรียก Neisseria gonorrhoeae เชื้อแบคทีเรีย ชนิดนี้ พบได้ในน้ำอสุจิของเพศชายและสารคัดหลังในช่องคลอดของเพศหญิง เชื้อแบคทีเรีย ชนิดนี้สามารถเจริญเติบโตได้ดีในพื้นที่ทีี่มีความอบอุ่น โดยเฉพาะอวัยวะเพศและภายในช่องคลอด รวมถึง ทวารหนัก เยื่อบุตา ช่องปากและคอ เป็นต้น