สำหรับสาเหตุของการเกิดฝีในสมองนั้น มีหลายสาเหตุที่ทำให้เกิดการติดเชื้อที่สมอง ซึ่งเราสามารถแยกสามเหตุหลักๆ ได้ 3 ประการ คือ การติดเชื้อที่อวัยวะที่ใกล้และเกี่ยวข้องกับสมอง