เกิดจากการติดเชื้อโรค ได้แก่ เชื้อแบคทีเรีย เชื้อบิด หรือ เชื้อรา แต่สาเหตุของการเกิดฝีที่ตับนั้นเกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย มีอัตราสูงที่สุด พบว่า ร้อยละ 80 ของผุ้ป่วยเิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยพบว่า เชื้อโรคที่พบบ่อย คือ เชื้อแบคทีเรีย E. coli รองลงมา คือ แบคทีเรีย Klebsiella ในส่วนของการเกิดฝีที่ตับจากเชื้อบิด นั้นเป็นสาเหตุสำคัญของโรคบิด ที่เรียกว่า “ โรคบิดมีตัว ” พบร้อยละ 10 ของผู้ป่วยเกิดจากการติดเชื้อบอด และ การเกิดฝีที่ตับจากเชื้อรา พบว่ามีอัตราการเกิดจากเชื้อรา ร้อยละ 10 และมักเกิดจากเชื้อราของตับในกลุ่ม Candida มักจะพบว่าเป็นสาเหตุของการเกิดฝีที่ตับของ กลุ่มคนที่ป่วยเป็นโรคมะเร็ง และ โรคเอดส์