ลำต้นกระทือ แบ่งออกเป็น 2 ส่วน คือ ลำต้นเหนือดิน และ ลำต้นใต้ดิน โดยลำต้นเหนือดิน เป็นไม้เนื้ออ่อน มีแกนเป็นเส้นใยในแนวตั้งตรง มีลำต้นสูงประมาณ 1 เมตร ลักษณะกลม ส่วนลำต้นใต้ดิน เรียกว่า เหง้า หรือ หัว ลักษณะกลมมีรากแขนงแทงลึกลงดิน เหง้าอ่อนมีกาบหุ้มหน่อสีม่วง เนื้อเหง้ามีสีขาว