การรักษาโรคฉี่หนูในปัจจุบันสามารถรักษาได้โดยใช้ยาปฏิชีวนะ แต่ต้องเข้ารับการรักษาให้เร็วที่สุดเท่าที่จะทำได้ ซึ่งไม่ควรเกิน 4 วันหลังจากมีอาการ