โรคฉี่หนูสามารถแบ่งระยะการเกิดโรค 2 ระยะ คือ ระยะเชื้อเข้ากระแสเลือด และ ระยะร่างกายสร้างภูมิ หลังจากได้รับเชื้อโรคเข้าสู่ร่างกาย ภายใน 2 สัปดาห์ ผู้ป่วยจะเกิดอาการ ซึ่งแบ่งออกได้เป็นสองระยะ รายละเอียด ดังนี้