สาเหตุของโรคอะคาเลเซีย คือ ความผิดปรกติของระบบประสาทและกล้ามเนื้อ ของ หลอดอาหาร ซึ่ง ความผิดปรกติ นั้น สาเหตุจากความปกพร่อง ของตัวหลอดอาหารเอง หรือ เกิด โรคแทรกซ้อน อื่นๆที่กระทบกระเทือนต่อ ระบบการทำงาน ของ ระบบทางเดินอาหาร โดยรวม