โรคฝีในสมอง จะส่งผลกระทบกับระบบประสาทเป็นหลัก ซึ่งอาการที่พบเห็นในกรณีที่ไม่ได้เกิดอุบัติเหตุ คือ เวียนหัว มีหนองไหลจากหู เสียการทรงตัว ปวดหัวอย่างรุนแรง มีไข้สูง แขนขาอ่อนแรง สายตาพร่ามัว คลื่นไส้อาเจียน มีอาการชัก เป็นต้น