พระพรหมังคลาจารย์ มรณภาพ ที่โรงพยาบาลศิริราช เมื่อเวลา 9.09 น. ของวันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2550 ด้วยอาการติดเชื้อในกระแสโลหิต รวมอายุได้ 96 ปี 5 เดือน