การรักษาโรคฝีในสมอง หากรักษาช้าหรือไม่ถูกวิธี ส่วนมากผู้ป่วยจะเสียชีวิตทุกราย แต่หากรักษาได้ จะพบว่ามีผลข้างเคียงต่อระบบประสาท เช่น แขนขาอ่อนแรง หรือ อาการชัก เป็นต้น