มะเร็งหลอดอาหารไม่ทราบสาเหตุของโรคที่ชัดเจน การป้องกันทำได้โดยลดความเสี่ยงการเกิดโรค เช่น ไม่สูบบุหรี่ งดดื่มแอลกอฮอล์ ควบคุมน้ำหนัก รักษาโรคกรดไหลย้อน หรือ ภาวะหลอดอาหารอักเสบเรื้อรัง