ลำไส้ใหญ่อักเสบเรื่อรัง เป็นที่ยอมรับว่าน่าเกิดจากผู้ป่วยบางคนมีพันธุกรรมบางอย่างที่ทำให้เสี่ยงต่อการเกิดโรคเมื่อร่วมกับปัจจัยจากสิ่งแวดล้อมบางชนิด แต่สามารถสรุปสาเหตุของการเกิดโรคได้พอประมาณ