การรักษาโรคถุงน้ำในไต แพทย์จะทำการรักษาโรคนี้โดยประคับประครอง และรักษาโรคตามอาการของโรค เช่น รักษาภาวะความดันโหลิตสูง รักษาการติดเชื้อที่ไต รักษาอาการปวด และรักษาภาวะเส้นเลือดสมองโป่งพอง หรือรักษาไส้เลื่อน เป็นต้น ยาที่ให้สำหรับในการรักษา ก็เช่น ยาลดความดันโลหิต ยาปฏิชีวนะ ยาแก้ปวด