การรักษาโรคคาวาซากิ นั้นเนื่องจากโรคนี้ยังไม่ทราบสาเหตุที่แท้จริง จึงยังไม่มียาที่สามารถรักษา แต่มีการรักษาด้วยการฉีด อิมมูโนโกลบุลิน ( intravenous immunoglobulin, IVIG ) ซึ่งจะสามารถลดความรุนแรง และป้องกันอาการแทรกซ้อนของโรคที่จะมีต่อหัวใจและหลอดเลือดลงได้