การรักษาโรคหลอดอาหารอักเสบ สามารถทำได้โดย การให้ยารักษา อาการของโรค และ การให้สารอาหารทดแทน ปัญหาการกินอาหารลำบาก ซึ่ง ยา ที่ใช้ใน การรักษา คือ ให้ยาลดกรด ให้ยาฆ่าเชื้อรา ยาปฏิชีวนะในการฆ่าเชื้อโรค ยาแก้ปวด ยาลดการบวม เป็นต้น