การรักษาโรคลำไส้ใหญ่อักเสบเรื้อรัง สำหรับ การรักษาโรค นั้น สามารถใช้ การรักษาด้วยยา ได้ ซึ่งจากการวินิจฉัยโรคจะทำให้สามารถทราบว่าต้องใช้ยารักษาอะไรบ้าง ซึ่ง การรักษานั้นเป็น การรักษาอาการอักเสบของลำไส้ ยารักษาไม่ให้อาการกำเริบ ยาช่วยบรรเทาอาการของโรค ยาบรรเทาอาการแทรกซ้อน และยารักษาโรคที่อาจจะเกิดกับอวัยวะข้างเคียง รายละเอียดดังนี้