การรักษาโรคลำไส้ขาดเลือด มีวิธีรักษาอยู่ 2 วิธี คือ การสวนแป้ง และการผ่าตัดลำไส้ ซึ่งรายละเอียดของการรักษาโรคลำไส้ขาดเลือด มีดังนี้

การรักษาลำไส้ขาดเลือด ด้วยการสวนแป้ง เป็นการรักษาทางรังสีวิทยา โดยใช้แป้งสวนก้นของเด็ก ทำให้เกิดแรงดัน ทำให้ลำไส้คลายตัว เมื่อลำไส้คลายตัว เลือดก็สามารถไปเลี้ยงลำไส้ได้ตามปรกติ อาการจะเริ่มดีขึ้น และหายภายใน 2วัน

การรักษาลำไส้ขาดเลือด โดยการผ่าตัดลำไส้ สำหรับการผ่าตั้นนั้น จะทำเมื่อการรักษาโดยการสวนแป้งไม่ได้ผล การผ่าตัดจะทำการดึงลำไส้ออกให้คลายตัว ให้เลือดไปเลี้ยงลำไส้ได้ตามปรกติ หากพบว่ามีอาการเน่าของลำไส้แล้สต้องตัดลำไส้ส่วนที่เน่าเสียออกแล้วต่อใหม่