การรักษาโรคฝีในสมอง ผู้ป่วยต้องเข้ารับการรักษาโรคฝีในสมอง ที่โรงพยาบาลตลอดเวลาและรักษาในห้องปลอดเชื้อโรค สำหรับการรักษานั้น รักษาด้วยการให้ยาต้านจุลชีพ โดยจะให้ยาต้าลจุลชีพ ประมาณ 45 วัน หรือให้จนกว่าฝีที่สมองจะหาย

ในกรณีที่ผู้ป่วยโรคฝีในสมองไม่ตอบสนองต่อยาต้านจุลชีพ แพทย์จะทำการผ่าตัดสมอง เพื่อนำก้อนเนื้อฝีออกให้หมด แต่การรักษาต้องรักษาโรคพร้อมกับควบคุมการเกิดโรคแทรกซ้อน อย่าง โรคหูน้ำหนวก โรคหัวใจ เพื่อป้องกันไม่เกิดฝีที่สมองซ้ำอีก การรักษาโรคฝีในสมองนั้น หากรักษาช้าหรือไม่ถูกวิธี ส่วยมากผู้ป่วยจะเสียชีวิตทุกราย แต่หากรักษาได้ จะพบว่ามีผลข้างเคียงต่อระบบประสาทเช่น แขนขาอ่อนแรง หรือ อาการชัก เป็นต้น