สำหรับการป้องกันโรคฉี่หนู สามารถทำได้โดย หลีกเลี่ยงการอยู่ในแหล่งน้ำที่สกปรก หากหลีกเลี่ยงไม่ได้ให้ใส่เครื่องมือป้องกัน เช่น รองเท้าบูท ถุงมือ และให้กำจัดหนูและสัตว์ที่เป็นพาหะนำโรค โดยการป้องกันการเกิดโรคฉี่หนูครับปฏิบัต ดังนี้