สำหรับการป้องกันแผลร้อนใน นั้นไม่สามารถป้องกันได้อย่างเด็ดขาด เนื่องจากไม่สามารถหาสาเหตุที่แน่นอนของการเกิดแผลได้ สิ่งที่สามารถทำได้คือ การหลีกเลี่ยงปัจจัยเสี่ยงของการเกิดแผลร้อนใน และ ปรับพฤติกรรมการดำรงค์ชีวิตประจำวัน โดยแนวทางการปฏิบัติ มีดังนี้