โรคฝีดาษ สารมารถป้องกันได้โดย การปลูกฝี ด้วยการฉีดวัคซีน หลังการฉีดวัคซีนจะมีภูมิอยู่ได้ 3-5 ปี การใช้วัคซีนก็ยังมีผลข้างเคียงเช่นกัน โดยผู้ที่ได้รับวัคซีนบางรายอาจจะได้รับผลข้างเคียงไม่ร้ายแรง หรือบางรายอาจลุกลามกลายเป็นโรคฝีดาษได้ จึงทำให้ในปัจจุบันได้มีการยกเลิกการให้วัคซีนไปแล้ว แต่ก็ยังคงมีวัคซีนเก็บรักษาไว้ในกรณีที่อาจเกิดการระบาดอย่างไม่คาดคิด